Das Bundesministerium für Wohnen, Stadtentwicklung und Bauwesen (kurz: Bauministerium) wurde mit der Bildung der Regierung der 20. Legislaturperiode des Deutschen Bundestages neu geschaffen. Ihm wurden aus dem ehemaligen Bundesiministerium des Innern, für Bau und Heimat die Aufgaben für Bauwesen, Bauwirtschaft und Bundesbauten, für Stadtentwicklung, Stadtentwicklungsprogramme und Wohnen sowie für Raumordnung, Regionalpolitik und Landesplanung zugeordnet.

Wie auch zuletzt war das Bauministerium in den vergangenen über 20 Jahren immer Teil eines anderen Ministeriums. So wurden die Aufgaben vorher im Bundesumweltministerium und davor im Bundesverkehrsministerium wahrgenommen. Doch das war nicht immer so.

Bereits mit der Neugründung der Bundesrepublik Deutschland wurde im September 1949 ein Bundesministerium für Wohnungsbau geschaffen.

Anfangs gab es drei Abteilungen: Eine für "Verwaltung und Organisation, Innerer Dienst, Personalangelegenheiten", eine zweite für "Wohnungsbau, Siedlungswesen und Wohnungswirtschaft" sowie eine dritte für "Raumordnung, Städtebau und Bautechnik". Im Jahre 1954 erhielt letztere Abteilung auch die Zuständigkeit für das Baurecht. Im September 1953 wurde eine weitere Fachabteilung errichtet, die für "Koordinierung der öffentlichen und privaten Baumaßnahmen im Bundesgebiet, Beamtenwohnungsfürsorge und Sonderbauprogramme" zuständig war. Im April 1958 erfolgte eine erneute umfassendere Organisationsänderung: Abteilung I: Wohnungs- und Siedlungswesen, Abteilung II: Eigentumsbildung, Familienheimförderung, Unternehmerische Wohnungswirtschaft und wohnungsmäßige Unterbringung von Vertriebenen, Flüchtlingen und Kriegsgeschädigten, Abteilung III: Bautechnik, Planung, baulicher Luftschutz und Baurecht und Abteilung IV: allgemeine Verwaltung, Wohnungsfürsorge, Sondermaßnahmen. Am 14. November 1961 wurde das Bundesministerium für Wohnungsbau in Bundesministerium für Wohnungswesen, Städtebau und Raumordnung umbenannt. Im Oktober 1965 erhielt es die Bezeichnung Bundesministerium für Wohnungswesen und Städtebau umbenannt und schließlich durch Organisationserlass vom 11. November 1969 die Bezeichnung Bundesministerium für Städtebau und Wohnungswesen.

Die Zuständigkeit für das Bauwesen des Bundes hatte bis zum Jahre 1972 mehrfach gewechselt. Der Bundesminister der Finanzen hatte die Aufgabe Ende 1969 aus dem aufgelösten Bundesschatzministerium übernommen. Zumal das BMF diese Aufgabe auch schon bis zum Jahre 1957 wahrgenommen hatte. Die Verlagerung im Jahre 1957 in das Bundesministerium für wirtschaftlichen Besitz des Bundes bzw. in das Bundesschatzministerium (ab 1961) verdeutlichen die wechselhafte Zuständigkeitsgeschichte.

Das seit 1975 als Bundesministerium für Raumordnung, Bauwesen und Städtebau (BMBau) bezeichnete Ministerium hatte bereits seit 1973 zwei weitere Abteilungen: R "Raumordnung" und "B Bauwesen".

Die Abteilungen Raumordnung und Städtebau wurden im Frühjahr 1975 zusammengelegt. Der Organisationsaufbau blieb in den folgenden Jahren weitgehend konstant. Im Jahre 1989 wies das Ministerium auf Abteilungsebene folgende Struktur auf: Z "Zentralabteilung", RS "Raumordnung und Städtebau", W "Wohnungswesen" und B "Bauwesen". Zum Geschäftsbereich des BMBau gehörten die Bundesbaudirektion mit Dienststellen in Berlin und Bonn und die Bundesforschungsanstalt für Landeskunde und Raumordnung. Das BMBau arbeitete eng mit der Arbeitsgemeinchaft der für das Bau-, Siedlungs- und Wohnungswesen zuständigen Minister der Länder zusammen. Dies hatte bis 1998 Bestand.

Im Oktober 1998 verlor das Bauministerium seine Eigenständigkeit, da das bisherige Bundesministerium für Verkehr und das bisherige Bundesministerium für Raumordnung, Bauwesen und Städtebau zu einem neuen Bundesministerium für Verkehr, Bau- und Wohnungswesen zusammengelegt wurden.

Mit Beginn der 18. Legislaturperiode (Dezember 2013) wurden die Zuständigkeiten für Bauwesen, Bauwirtschaft und Bundesbauten sowie Stadtentwicklung, Wohnen, Ländliche Infrastruktur und öffentliches Baurecht aus dem Verkehrsministerium herausgelöst um dem Umweltministerium übertragen. Mit der 19. Legislaturperiode (ab März 2018) dem Bundesministerium des Innern, für Bau und Heimat aus dem Geschäftsbereich des Bundesumweltministeriums diese Zuständigkeiten sowie die Stadtentwicklungsangelegenheiten der Raumordnung sowie für den demografischen Wandel übertragen. Zudem wurden die die Zuständigkeiten für Raumordnung, für den Bundesraumordnungsplan Hochwasserschutz, für die Europäische Raumentwicklungspolitik und den territorialen Zusammenhalt sowie für den demografischen Wandel aus dem Bundesverkehrsministerium herausgelöst und ebenfalls ans BMI gegeben.

Mit der Schaffung des neuen Bundesministerium für Wohnen, Stadtentwicklung und Bauwesen sind nunmehr diese Zuständigkeiten gebündelt in einem eigenständigen Ressort.