Der Verabschiedung der Neuen Leipzig-Charta ging ein umfangreicher, mehr als zweijähriger Dialogprozess voraus. Dieser war aufgeteilt in eine Serie nationaler und europäischer Dialogsitzungen. Zudem wurde eine Grundlagenstudie erstellt. An beiden Prozessen waren verschiedenste Akteure aus der Praxis, der Politik, der Wissenschaft und von Verbänden beteiligt, um die unterschiedlichen Perspektiven auf die Stadtentwicklung und den aktuellen Forschungsstand in das Dokument einfließen zu lassen.

Begleitet wurde das Verfahren durch das Forschungsprojekt „Möglichkeiten und Strategien der deutschen EU-Ratspräsidentschaft 2020“. Dabei arbeitete ein Konsortium bestehend aus dem Deutschen Verband für Wohnungswesen, Städtebau und Raumordnung, dem European Urban Knowledge Network (EUKN) und der BTU Cottbus-Senftenberg mit dem Bundesministerium des Innern, für Bau und Heimat und dem Bundesamt für Bau-, Stadt- und Raumforschung eng zusammen.

Darüber hinaus wurde das Dokument auf zahlreichen Treffen im Rahmen der informellen Zusammenarbeit zur Stadtentwicklung unter österreichischer (2018), rumänischer und finnischer (2019), kroatischer und deutscher (2020) EU-Ratspräsidentschaft mit Vertreterinnen und Vertretern der Mitgliedstaaten, Partnerstaaten und europäischer Institutionen und Organisationen diskutiert und weiterentwickelt. National erfolgte die Abstimmung in den Gremien der Nationalen Stadtentwicklungspolitik und mit der Bauministerkonferenz der Länder.