Die Regelungen des BRPH binden grundsätzlich die Raumordnungsbehörden der Länder und Regionen bei der Aufstellung bzw. Änderung ihrer Raumordnungspläne. Die Gemeinden müssen ihre Flächennutzungs- und Bebauungspläne wiederum den Zielen der Raumordnung anpassen (§ 1 Absatz 4 BauGB) und dafür sorgen, dass im Außenbereich raumbedeutsame Vorhaben den Zielen der Raumordnung nicht widersprechen (§ 35 Absatz 3 BauGB). 

Der BRPH wahrt die verfassungsrechtliche Planungshoheit der Länder und Kommunen. Er ist weitgehend auf eine Konkretisierung durch die landesweiten und regionalen Raumplanungen sowie durch die kommunale Bauleitplanung angelegt. Ausnahmeregelungen lassen den erforderlichen Spielraum für passgenaue regional- und kommunalspezifische Planungen und Maßnahmen für den Hochwasserschutz. 

Bestehende landesrechtliche Regelungen bleiben grundsätzlich weiterhin wirksam. Als Rechtsverordnung des Bundes hat der BRPH allerdings Anwendungsvorrang vor diesen Regelungen. Für den Fall, dass Festlegungen in bestehenden Raumordnungsplänen der Länder den Festlegungen des BRPH widersprechen sollten, sind die Regelungen der Landespläne zu ändern bzw. anzupassen.